নৌ পরিবহন মন্ত্রণালয়ের নিয়ন্ত্রণাধীন গুরুত্বপূর্ণ সংস্থাগুলোর মধ্যে একটি ‘নৌ পরিবহন অধিদপ্তর’। স্বাধীনতার আগে এ কার্যালয়ের নাম ছিল ‘কন্ট্রোলার অফ শিপিং’। বাংলাদেশ স্বাধীন হওয়ার পর ১৯৭২ সালে ‘নেভিগেশন ডাইরেক্টরেট’ নামে একটি পরিদপ্তর সৃষ্টি করা হয়। স্বাধীনতা পরবর্তী সময়ে নৌ বাণিজ্যের কর্মকান্ড বৃদ্ধি পাওয়ায় ১৯৭৬ সালে নৌ বাণিজ্য অধিদপ্তরের কতিপয় নতুন কর্মকান্ডসহ পূর্বের “কন্ট্রোলার অব শিপিং” এবং “নেভিগেশন ডাইরেক্টর”-কে একীভূত করে নৌ প্রশাসনের জাতীয় এবং আন্তর্জাতিক দায়িত্ব বৃহত্তর পরিসরে পালনের জন্য Department of Shipping প্রতিষ্ঠা লাভ করে, যা বাংলায় ‘সমুদ্র পরিবহন অধিদপ্তরের’ নামে পরিচিত হয়ে আসছিল। ১৯৮৩ সালে প্রণিত এনাম কমিটির রিপোর্ট অনুযায়ী নিম্নবর্ণিত শাখা অফিসসমূহকে নৌপরিবহন অধিদপ্তরের প্রশাসনিক নিয়ন্ত্রনে ন্যস্ত করা হয়ঃ

            ক) নৌ-বাণিজ্য অধিদপ্তর, চট্টগ্রাম;

            খ) মেরিন একাডেমী, চট্টগ্রাম;

            গ) সরকারী শিপিং অফিস, চট্টগ্রাম;

            ঘ) ন্যাশনাল মেরিটাইম ইনস্টিটিউট, চট্টগ্রাম;

            ঙ) অভ্যন্তরীণ জাহাজ পরিদর্শনালয়, ঢাকা।

পরবর্তীতে মন্ত্রিপরিষদ বিভাগের স্মারক নং- মপবি-৪/৩৩/৮৮-বিধি/৮৬২, তারিখ- ২৭/১১/৮৯ইং উল্লেখপূর্বক গত ২৮/১১/৮৯ইং তারিখে শ্রম ও জনশক্তি মন্ত্রণালয় উহার অধীনস্থ নাবিক ও প্রবাসী শ্রমিক কল্যাণ পরিদপ্তরটিকে জনবল, বাজেট, পরিসম্পদ এবং দায় (যদি থাকে)সহ নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের নিকট ন্যস্ত করে এবং নৌপরিবহন মন্ত্রণালয় বিগত ৩০/১১/৮৯ইং তারিখে স্মারক নং-৪(৪)/৮৭-জা/৩-৫৭৩ এর মাধ্যমে উক্ত নাবিক ও প্রবাসী শ্রমিক কল্যাণ পরিদপ্তরটিকে জনবল, বাজেট, পরিসম্পদ এবং দায় (যদি থাকে) সহ নৌপরিবহন অধিদপ্তরের আওতাভুক্ত করে।  

প্রশাসনিক উন্নয়ন সংক্রান্ত সচিব কমিটির সভার সিদ্ধান্ত মোতাবেক নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের অধীন ‘Department of Shipping’ এর বাংলা নাম “নৌপরিবহন অধিদপ্তর” এবং ‘Mercantile Marine Department’ এর ইংরেজী নাম ‘Mercantile Marine Office’ এবং বাংলা নাম ‘নৌ-বাণিজ্য দপ্তর’ হিসাবে পরিবর্তন করে বিগত ২৮/০৪/২০১৬ খ্রিঃ নৌপরিবহন মন্ত্রণালয় হতে প্রজ্ঞাপন জারী করা হয় ।